คณะสัตวแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหาสารคาม ก่อตั้งขึ้นโดยแยกมาจากคณะสัตวแพทยศาสตร์และสัตวศาสตร์ ซึ่งเดิมการดำเนินงานหลักสูตรสัตวแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหาสารคาม นั้นถูกกำหนดไว้ในแผนปฏิบัติราชการ (แผน 4 ปี) ของมหาวิทยาลัยมหาสารคาม (พ.ศ. 2549-2552) จากการศึกษาวิเคราะห์บทบาทของการเปลี่ยนแปลงที่จะเกิดขึ้นพร้อมด้วยหลักการและเหตุผลตามเจตนารมณ์ของการปฎิรูปการศึกษา ประกอบกับปัญหาและความต้องการสถาบันการศึกษาที่มีหลักสูตรด้านสัตวแพทยศาสตร์ของภาคตะวันออกเฉียงเหนือตลอดจนความต้องการของประเทศ มหาวิทยาลัยมหาสารคาม จึงมี นโยบายในการพัฒนาโครงการจัดตั้งคณะสัตวแพทยศาสตร์ขึ้น ในระยะแรกของโครงการจัดตั้งคณะสัตวแพทยศาสตร์และสัตวศาสตร์ ได้โอนย้ายหลักสูตรเทคโนโลยีการผลิตสัตว์ อาจารย์ บุคลากรและนิสิตของสาขาเทคโนโลยีการผลิตสัตว์ คณะเทคโนโลยี พร้อมทั้งทรัพย์สินมาสังกัดโครงการจัดตั้งคณะสัตวแพทยศาสตร์และสัตวศาสตร์ ทั้งนี้ให้ศูนย์ถ่ายทอดเทคโนโลยีเกษตรกรรมเฉลิมพระเกียรติ (ฟาร์ม) มหาวิทยาลัยมหาสารคาม เป็นหน่วยเสริมศึกษาของคณะสัตวแพทยศาสตร์และสัตวศาสตร์ หลังจากนั้นโครงการจัดตั้งคณะสัตวแพทยศาสตร์และสัตวศาสตร์ จึงได้มีการยกร่างหลักสูตรสัตวแพทยศาสตร์บัณฑิต (สพ.บ.) ในปีการศึกษา 2/2548
โดยมหาวิทยาลัยมหาสารคาม ได้แต่งตั้งคณะทำงานขึ้นประกอบไปด้วยคณะกรรมการในการยกร่างหลักสูตรสัตวแพทยศาสตร์ และคณะกรรมการดำเนินการโครงการจัดตั้งคณะสัตวแพทยศาสตร์และสัตวศาสตร์ นอกเหนือไปจากคณะทำงาน ปรับปรุงหลักสูตรสัตวศาสตร์ ที่ดำเนินการอยู่แล้วให้มีประสิทธิภาพและมาตรฐานมากยิ่งขึ้น นอกจากนี้ได้มีการยกร่างหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาประมง เพิ่มขึ้นใหม่อีก 1 หลักสูตร ทำให้การบริหารงานภายในของโครงการจัดตั้งคณะสัตวแพทยศาสตร์และสัตวศาสตร์ ประกอบด้วย 3 สาขาวิชาได้แก่ สาขาวิชาสัตวศาสตร์ สัตวแพทยศาสตร์และประมง อยู่ภายในคณะวิชาเดียวกัน และในปีงบประมาณ พ.ศ. 2550 โครงการจัดตั้งคณะสัตวแพทยศาสตร์และสัตวศาสตร์ จึงได้เสนอขอจัดตั้งคณะสัตวแพทยศาสตร์และสัตวศาสตร์ต่อที่ประชุมสภามหาวิทยาลัย ในการประชุมครั้งที่ 1/2550 เมื่อวันที่ 26 มกราคม พ.ศ. 2550 โดยที่ประชุมมีมติเห็นชอบให้ดำเนินการในรูปแบบโครงการจัดตั้งคณะสัตวแพทยศาสตร์และสัตวศาสตร์ไปก่อน ซึ่งหากมีความพร้อมจึงนำกลับมาเสนอต่อสภามหาวิทยาลัยให้ความเห็นชอบเพื่อจัดตั้งเป็นคณะต่อไปและหลังจากนั้นคณะสัตวแพทยศาสตร์และสัตวศาสตร์ จึงได้รับการอนุมัติตามประกาศมหาวิทยาลัยมหาสารคาม เรื่อง จัดตั้งคณะสัตวแพทยศาสตร์และสัตวศาสตร์ พ.ศ. 2551
และต่อมาในปี พ.ศ. 2555 สภามหาวิทยาลัย มหาสารคาม จึงได้มีมติให้จัดตั้ง “คณะสัตวแพทยศาสตร์” มหาวิทยาลัยมหาสารคาม พ.ศ. 2555 มีชื่อเรียกเป็นภาษาอังกฤษว่า “Faculty of Veterinary Science” ในวันที่ 26 กันยายน 2555 โดยให้มีการโอนย้ายบุคลากร นิสิตและทรัพย์สินของหลักสูตรสัตวศาสตร์และหลักสูตรประมงกลับไปยังคณะเทคโนโลยี